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          在时间王庆国数据科学家战斗癌症一个字节

          癌症:那就是罢工害怕当医生发音一个字。

          Qinggou Wang teaching data science at Lipscomb.

          在澳门真人网投|澳门真人官网科学研究qinggou王数据教找他一起治愈癌症。

          它是动力 青果旺“生活的工作。

          但王是不是典型的癌症研究人员。他是一个数据科学家,并抗癌有一次一个字节。

          王是科学数据的澳门真人官网的副教授 College of Computing & Technology。使用计算技术来发现的原因和治疗癌症是一种重要的这种做法有现场显著的潜在影响。

          用数据来寻找线索

          “通过计算科学的镜头研究癌症是很有趣的,”王说。 “此外,它是关系到福利的病人直接。甚至所有的研究,这些研究已经-已经完成,这是很难找到一些类型的癌症治疗。许多人仍然死于癌症。这是一个困难的疾病。它影响许多人,仍然不知道尽可能有知道“。

          青果旺 visiblily thinking about a problem.

          “对于某些类型的癌症卫生组织我们知道如何对患者进行治疗,如果我们知道司机突变。但对于许多癌症类型,我们仍然不知道。在这个研究领域是正在进行的非常多,这是非常具有挑战性。“

          王说,例如,我有计算机科学知识,但不是在生物学方面的专家。典型的如数据科学家王使用被称为下一代测序基因组数据 - 或NGS - 检测致癌突变。 NGS使研究人员能够序列的DNA和RNA快速,经济高效。

          NGS与癌症的过程开始已经从患者提取的组织。所述组织样品包含许多细胞。旺说,DNA从那些细胞,然后将其取自“切碎成短的片段”,每个包含数百个核苷酸。

          “我们必须从每一个片段阅读核苷酸,并且可以有数百数千碎片的,”我说。 “这些短的片段,提供澳门真人网投NGS然后分别哪台机器读取从每个片段的核苷酸。”

          这些读数创建非常大的文件。王分析文件,你几百个上千行的。当文件被压缩,每个人都可以达到200 GB,我说。

          “这是大数据,”承认旺。

          在王的研究,组织可以从多个站点采取在患者体内癌症迁移到其他器官通常,它已初步形成十一点。

          “我们采取的样品并做测序得到癌症的全面视图在一个病人,”我解释道。

          工程师转行成为癌症研究

          当王开始工作,七年前ESTA场,我说,它可以从接收数据到突变的基因组测序发现原因的癌症潜在需要长达六个月。如今,随着科技的进步,现在可以在几周之内做到这一点。

          “我是一名计算机科学家,所以我喜欢用数据玩,”我说。

          当王某在中国本土开始了他的他的学术研究,癌症研究是远离他的脑海。我赚了工程学士学位核技术从成都理工大学,去工作的工程师。接下来我获得了计算机技术工程硕士毕业于上海交通大学,并开始工作的软件工程师首先惠普(上海)有限公司。 LTD。然后为上海高科技数字智能系统。合。 LTD。

          推出王为他的职业生涯作为一个软件工程师,我很快就意识到工作在中国,要求文化的本质。我的工作,每周六天,从上午10时有时到晚上10时每一天。我说我是休息的唯一周日全天。

          “我们在中国的努力,”王说。 “你不能相信有多难,我们的工作。我睡在星期天我主要是因为我已经筋疲力尽。工作没有履行澳门真人网投我。我觉得我只是一个编程机器“。

          王说我做了我是做澳门真人网投定的工作,但我想知道更多。于是,我开始“探索。”“我想知道更多关于计算机科学和生活中的问题,”我说。

          青果旺 stands with his reasearch team at the University of Missouri.

          我决定我想改变,想从事研究。因此,王和他的妻子,勉面包,移居美国,我可以在计算机科学追求高级学位。这是改变了他的生活,深刻的方式移动。

          王师傅和计算机科学博士学位赚度,保持一个完美的4.0 GPA每个。一路上,我发现了一种融入他的计算机科学知识,他的激情做一些有意义的事情吧。作为一名研究助理,而在密苏里州的学生,王某是一个团队的学生谁排是在中蛋白质结构预测的计算密集的生物信息学在世界上最好的努力在全国学院的一部分健康的 在2010年第九届CASP比赛.

          一个任务,以了解更多

          试图了解更多信息,接受王范德比尔特大学,在那里学习的癌症基因组学和生物医学信息学三年为期三年的博士后奖学金。王和他的同事研究人员分析数据,并介绍了基因组他们发现突变范德比尔特谁会审议那么该样本从生物学角度看,以确定突变癌症的相关医生。同时有,一种检测在人类癌症基因组研究新异常事件旺本发明的方法。我开发了一个NGS目录,并在2012年开发的软件 virusfinder 通过NGS数据来检测病毒。

          “我们在范德比尔特11合作者问我们是否能够识别在癌症基因组的病毒及其整合位点。当时的软件和管道表征的病毒基因组整合位点是不存在的,“王说。 “因此,我们开发了virusfinder工具。”

          “病毒感染,尤其是致瘤病毒,是全球死亡的主要原因之一。一些病毒,乙肝:如病毒,可以融合到宿主基因组中基因功能中断或诱导染色体不稳定,而其他病毒很少整合到宿主基因组解释说:“王。 “检测病毒的存在,尤其是在宿主基因组中他们的整合位点是了解他们在疾病发展中的作用至关重要。病毒与宿主相互作用的研究阐明了也与病毒相关的癌症。病毒 - 宿主相互作用的NGS调查的需求是由缺乏有效的工具,用于病毒检测NGS阻碍“。

          virusfinder迅速成为最常用的工具之一,在该领域进行的病毒和使用NGS数据,包括全转录组测序,全基因组测序,并靶向测序数据主机基因组他们的整合位点的鉴定。今天,它是由世界各地的医学研究者使用。

          另一个旺的工作是检测癌症基因MYC驾驶的结合位点。 MYC是许多过程,包括细胞周期进入,核糖体合成和代谢的主要调节剂。

          “这是非常重要的研究myc蛋白,”王说。 “我们在范德比尔特合作者发现ESTA可结合另一种蛋白质蛋白质-wdr5 - 但我们需要利用测序这些数据来验证。重要的是要研究癌症中驱动基因ESTA因为它会导致公司每年仅在美国10名万人死亡。“

          这就是王证明未经WDR5 MYC不能绑定到基因组中。 “如果我们能发现一个小分子结合于WDR5的界面,MYC结合,我们可以中断MYC myc基因结合,并可能停止为癌症的驱动程序。这是一个非常重要的工作,“我说。

          当王接受了计算工程师纪念Sloan Kettering癌症中心的纽约后在2014年,我开始制定统一的信息管道。说,王的研究人员在世界各地RNA序列,并使用不同的方法,这创造了挑战当试图进行数据比较分析在不同的测序中心的数据。我想找到一种方法来整合不同来源的数据。

          “我们花了一年开发一个管道重新分析所有样品RNA的两个国家项目遵循相同的协议,”我记得。 “这是一个大项目,是仍在进行中。”

          而在斯隆凯特林,王某还为研究项目的另一个主要涉案研究基因的雄激素受体(AR),前列腺癌最突出的驱动程序。研究已经一个突变基因AR,AR-V7,可以翻译成蛋白质产品。 AR-V7对前列腺癌患者的生存显著的影响。 “重要的是要检测ESTA变种,”我说。王花了几个月的开发管道细节ESTA变种。 ESTA研究的结果发表在高被引论文被纳入 细胞 日志。

          计算机科学家在癌症研究

          王FACTOTUM在应用计算科学为癌症研究的重要性坚信。他说,在过去十年显著进展,已经在利用计算技术在生物医学研究方面。

          “NGS之前,我们只能专注于癌症的小规模或在基因组的某些区域,”我说。 “此外,它是非常昂贵的,进行这方面的研究类。”

          “随着当今计算科学以及NGS技术及其应用领域广泛的进步越来越癌症研究,我们可以做的更大规模的研究,降低成本和制造在癌症,影响加速解决方案。”王说。 ,虽然仍然有挑战的工作通过,整合研究,生物医学科学计算产生了巨大的影响,并会继续在未来。

          王某的工作,一直在研究和技术的前线,并有他的今天继续在这一研究领域。他发表在有无发现过无数杂志,报告和书籍,我已经在许多国家会议上提出。

          “不同的肿瘤医院采用不同的面板,数据共享和隐私被用于癌症研究,一切障碍”王说。 “通过使用大数据和数据共享我们能够找到方法来改善提高癌症治疗。数据共享将继续是极为重要的整个社区找到治愈癌症 - 跨不同的研究人员,医院和国家共享信息 - 和拯救生命。“

          斯隆凯特林后,对王某的旅程的下一站是澳门真人网投|澳门真人官网。但它不是一个计划的停止站王。

          “我认为这将是不可能的,我在澳门真人网投|澳门真人官网工作,”我记得。 “我有十多年的研究培训。我的计划是继续研究和出版。但神打开门“。

          与基督教的相遇

          要了解王的故事,这部分的意义,就必须回到2005年当我离开上海,中国的夏天,并在哥伦比亚,密苏里州赶到。我没有车。他知道几个人。但在最初几天在美国的遭遇对王某的生活产生深远的影响。

          “我有我与基督教的第一次相遇,”我记得。

          青果旺 stands to have his picture taken outdoors.

          密苏里校园远非王的公寓。在这一周,我把城市公交车到校园。但公交车没有在靠近他的公寓周末运行。有部长保罗面包WHO狐狸住在附近连接王冕的妻子开车到周末校园里,让他坐在一起。

          王睡过头了一天。他们的狐狸敲了敲门,前往校园当我没有得到回应。王醒了,意识到发生了什么事情发生,并呼吁狐狸的房子。他的妻子接了电话,说我会来得到它们。

          “我敲了敲门,是酷暑非常吃力,”我说。 “汗水从他身上滴下来。我太感动了。在中国甚至是很好的朋友毫不犹豫地帮助的时候。但是这个人,谁,我们只知道她几天,乐意提供帮助。我是一个基督徒。所以,这是我的一个基督徒的第一印象。“

          王意识到事后狐狸已经得到了校园,并专程回的方式得到他。

          他们遇到了另外一个人在哥伦比亚WHO与中国教会经常邀请中国学生合作,他家的节日餐。

          “我会说‘这是一个伟大的祝福,愿这些学生在我家’,”王说。 “因为它让我感动,我们为国际学生......我们没有钱。我们不知道重要的人,并没有很高的地位。我们有F1签证,这意味着我们无法全职工作。我们基本上是最穷的穷人。当我说的,但它是一个伟大的祝福,我们在他的家里有让我感动。“

          “中国文化是不同的这种地位是非常重要的。但对于许多基督徒,他们不在乎关于状态。他们试图去了解他们遇到的人。这是我非常喜欢和非常喜欢,“我继续说。 “这是一个原因,我转换为基督教信仰一年后,我来到了美国”

          When Wang came to Nashville in 2011 for his work at Vanderbilt, he began worshipping at Middle Tennessee Chinese Church of Christ, which meets at Natchez Trace Church of Christ near the university. Before Wang left for Sloan Kettering in 2014, the minister at Middle Tennessee Chinese Church of Christ wrote to Fortune Mhlanga, dean of 澳门真人网投|澳门真人官网’s College of Computing & Technology, to ask if there was an opening for Wang.

          “我已经接受在已纽约的位置,”王回忆说。 “但是我答应的财富,我会保持联系,并会来,并澳门真人网投予学生交谈。”

          一个途径澳门真人官网

          At the end of 2015, Wang contacted Mhlanga, who asked him to consider interviewing for a faculty position in the College of Computing & Technology. Mhlanga set the interview for a Thursday in Nashville, and every Thursday Wang was committed to a lab meeting in New York at Sloan Kettering.

          “当时,我不希望我的老板知道我在采访,”我说。 “我认为我想离开,而当时我没有。所以我问上帝,我已经叫我来面试,以帮助我,所以我可以去没有我的老板会意。“

          一周前接受采访时,他的老板在斯隆凯特林周四宣布,该实验室每周将举行星期二开始的那个星期。

          “那我祈祷超过10件关于采访,”我说。 “虽然当时我不知道如果我能在澳门真人官网工作,我还是想做好准备的采访。 10在所有的这些事情,我看到神回答我的祈祷。面试进行得非常顺利。“

          王很高兴,虽然在斯隆凯特林,我开始认真思考关于澳门真人官网工作。在纽约,我是许多研究者之一。在澳门真人官网,我是独一无二的。

          “在澳门真人官网我可能会更有用,”我承认。 “上帝可以用我的技能。在斯隆凯特林我是一小群身边的人有用。但在澳门真人官网我可以教澳门真人网投学生,并帮助更多的人。“

          “这是一个重大的决定到这里来。但我看到神开门澳门真人网投|澳门真人官网。他的意志是对我很清楚。“

          今天,王准备下一代数据科学家在课堂上和他们在他的研究和他一起工作,帮助找到治疗癌症的方法,每次一个字节。

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